丰都历史攸久，是举世闻名的"鬼城"。1996年在三合镇（原汇南乡）烟墩堡发掘出砍砸器、凹缺器、尖状器、刮削器等石器1000余件，经鉴定属旧石器时代文物，距今10万年以前，这证明早在10万年以前丰都地域内就有人类在此繁衍生息。
丰都自公元90年建县，迄今已历1914年。
周时，境属巴国，曾建"巴子别都"。至秦，属巴郡枳县（今涪陵）；西汉，属益州巴郡枳县。
东汉和帝永元二年（90年），分枳县地置平都县，治所倚平都山（名山），故名。是为丰都建县之始。初置隶属益州巴郡；献帝初平元年至建安五年（190年-200年）隶属益州永宁郡。 三国蜀汉延熙十七年（254年），平都县并入临江县（今忠县），属益州巴郡；至西晋，属梁州巴郡；成汉，属荆州巴郡；东晋，属梁州巴郡；南朝宋初，属益州巴郡；齐，属巴州巴郡；梁，属楚州临江郡；北朝西魏、北周，属临州临江郡。
隋开皇三年（583年），境属临州临江县；大业三年（607年）属巴东郡临江县。恭帝义宁二年（618年），自临江县分出置豐都县，隶临州。治所豐民洲在平都山下。
唐贞观八年（634年），豐都县隶山南道忠州；天宝元年（742年），隶山南东道南宾郡；乾元元年（785年），隶山南东道忠州；至五代前蜀、后蜀，隶忠州。
北宋真宗时，豐都县隶夔州路忠州南宾郡。徽宗政和元年（1111年），复并入临江县。南宁高宗绍兴元年（1131年），豐都县复置。度宗咸淳元年（1265年），隶夔州路咸淳府。
元时，豐都县隶四川行省重庆路忠州。至元二十一年（1284年），垫江县并入豐都；至正二十二年（1362年），明玉珍大夏政权时，垫江分出。
明洪武十年（1377年），豐都县并入涪州，属四川承宣布政使司重庆府。十三年（1380年）自涪州分出复置县，改名酆都，隶重庆府忠州。
清康熙十三年（1674年），酆都县为吴三桂军占领；十九年（1680年）清军复收。雍正十二年（1734年），隶忠州直隶州；嘉庆七年（1802年），隶川东道忠州直隶州。
辛亥革命（1911年），酆都县隶重庆军政府；中华民国元年（1912年），隶四川省忠州；民国2年，隶四川行政公署川东道；民国3年，隶四川巡按使公署东川道；民国17年，直隶四川省；民国24年，隶四川省第八行政督察区。
中华人民共和国建立后，1950年，酆都县隶西南区川东行署区涪陵专区；1952年9月，隶四川省涪陵专区；1958年改县名酆都为丰都。1968年至1996年，丰都县隶四川省涪陵地区；1997年重庆直辖后，丰都县由重庆市直管。
